在一條平行宇宙裡，小丑透過某種手段誘騙超人殺死他懷有身孕的妻子露薏絲·蓮恩，包括她腹中未出世的孩子，隨即引爆一顆核彈摧毀整座大都會，殺死數量將近百萬的居民。當蝙蝠俠於高譚市警察局中審問小丑關於核彈的來源時，滿臉悲憤的超人衝入審訊室中，無法忍受小丑無止境的嘲諷之下殺死小丑作為報仇。從那以後，超人變成冷血無情的獨裁暴君，建立「地球第一政權」（One Earth Regime）清除全球犯罪活動，獨自掌權成為最高統領。正義聯盟因此解散，大多數英雄都選擇忠誠於超人，而任何反抗超人的英雄或罪犯都被他殺害，留下蝙蝠俠一人躲在地下組建「反抗軍」（Insurgency）秘密抗擊超人的勢力。 五年後，反抗軍找到另一條平行宇宙，當中為正義聯盟成功阻止小丑引爆核彈，為了尋求幫助而將該「新宇宙」裡的神力女超人、水行俠、綠光戰警、以及綠箭俠轉移至這條平行宇宙。但其過程同時也將蝙蝠俠和小丑一起轉移過來，兩者單獨落至如今重建的大都會街道上，其被超人制度軍隊佔領。當綠光戰警開始各處尋找他的能量戒指充能處時，他意外遇見死敵聖納托和他的“二重身”黃光戰警，兩者都戴上黃色能量戒指而增強力量，綠光戰警擊退他們後帶離其他人撤離。水行俠回到家鄉亞特蘭提斯查看文檔庫，得知超人變成暴君以及得知該宇宙裡的他已經決定將亞特蘭提斯的權利轉交給超人，他只好陸續打敗前來和他簽約的沙贊和閃電俠，最後還被迫擊退他的二重身。 新宇宙的眾英雄最終在高譚市遇見該宇宙裡的蝙蝠俠，同時發現他的反抗軍成員包括臥底在超人政權裡的雷克斯·路瑟，蝙蝠俠帶他們回到蝙蝠洞，慢慢解釋他的世界淪為如此的起因，以及他將眾人帶來是為了得到必須靠正義聯盟全員之DNA開啟的氪石樣本，作為唯一能制伏或殺死超人的武器；由於超人建立政權時殺死過綠箭俠在內的所有反抗者，造成剩餘英雄無從選擇地服從他，缺失人手之下才迫使蝙蝠俠將他們帶來。另一方面，新宇宙的蝙蝠俠追逐小丑途中，被巡邏的鷹女俠和黃燈戰警錯認成該宇宙的蝙蝠俠而被抓捕。小丑隨後遇見哈莉·奎茵，其自從超人殺死小丑後獨自帶領「小丑黨」（Joker Clan）紀念他。蝙蝠俠率領反抗軍闖入韋恩莊園，打敗看守的冰霜殺手和所羅門·格蘭迪後，成功在蝙蝠洞裡尋獲氪石樣本。 在新宇宙中，超人試圖建立傳送門救回其他人時，無意間將鋼骨先送至平行宇宙裡，其從戰友們得知事情經過後便跟喪鐘搭檔，闖進地球軌道上的瞭望塔（英语：Justice League Watchtower）。同時，超人用新聞直播聲言將會處決抓獲的蝙蝠俠，藉此將其他英雄引至史崔克島（英语：Stryker's Island），水行俠操縱海底生物擊退超人軍隊，而其他人趁機成功營救新宇宙的蝙蝠俠後被傳送走。超人剛想摧毀瞭望塔，但喪鐘撤退前使反應爐核心過熱後炸毀瞭望塔。與此同時，路瑟換上戰甲準備用氪石武器殺死超人，卻在關鍵時刻被沙贊阻止而失敗。超人趕到後處死路瑟，其殺人行徑被新聞公諸於世後，導致全世界開始反感他的方式，狂怒的超人決定摧毀高譚市和大都會來殺雞儆猴，甚至聲言結束後會去統治新宇宙。沙贊企圖制止超人而被殺後，閃電俠決定倒戈至反抗軍一方。 因為路瑟失敗，兩個蝙蝠俠決定將新宇宙的超人傳送過來對抗這裡的超人，在反抗軍和超人制度於大都會的戰鬥中，神力女超人突然被阿瑞斯轉移至天堂島（英语：Themyscira (DC Comics)），使她目睹她的二重身即將帶領亞馬遜（英语：Amazons (DC Comics)）戰士、奉超人之令去侵略大都會。當神力女超人打敗她的二重身後，所有亞馬遜族決定聽從她的命令加入反抗軍行列。新宇宙的超人到達後加入戰局，但平行宇宙的超人釋出如今被他控制的毀滅日，導致超人被迫將他們的戰鬥場地轉移至孤獨堡壘裡。打敗毀滅日後，兩個超人為決定世界命運展開最終對決；在新宇宙的超人獲勝下，徹底瓦解超人政權並結束他的殘暴統治。超人與其大部分忠誠者都被逮捕進史崔克島，小丑也被押回新宇宙裡。 路瑟被立下紀念碑譽為英雄，綠光戰警將他的二重身以及聖納托帶回宇宙守護者面前審判，神力女超人也幫忙使她的二重身下台並逮捕。戰敗的超人被關押在一座紅色太陽光照射而使他失去超能力的牢房裡閉門思過，而新宇宙的超人坦言「若換做是他經歷相同情況，很可能也會做出相同的舉動」，蝙蝠俠保證假如有那麼一天，自己便會過去新宇宙裡阻止他。兩人離開後，牢房裡的超人眼中開始露出一絲熱能射線的紅光……